随着天空岛统治的缺位，地下神因为缺少了天空岛的引导，而展开了惨烈的厮杀。这就是魔神战争。魔神战争持续了近2000年（存疑），最后留下七位胜者，即风、岩、雷、草、水、火、冰七位神明，被天空岛追封七神，继续统治着人类世界。七神又建立了七个国家：
蒙德（中世纪德国），璃月（古代中国），稻妻（古代日本），须弥（古代中东），枫丹（近代法国），纳塔（古罗马），至冬（近代沙皇俄国）。
魔神战争结束后，并不是所有人类部落都成为了神之子民，还有许多国家没有接受神明，其中一个就是坎瑞亚。
距今500年前左右，坎瑞亚与其他七国发生了严重的冲突，七神在天空岛的授意下降临坎瑞亚，对坎瑞亚加以毁灭；坎瑞亚释放了人造魔兽军团和各种战争兵器，在全大陆造成了巨大的灾难。
坎瑞亚被毁灭，所有的子民受到诅咒，变成了丘丘人部落的一部分（丘丘人是由多个人类部落或国家受到诅咒形成的，不只有坎瑞亚子民）。
七国受到严重的破坏，人类聚居区大面积减少，部分七神战死，包括初代雷神和初代草神（存疑）。
空和荧作为双子，作为星空旅行者，进来的时间很不巧，无意中卷入了这场战争。在即将逃离时，被天理/天理的执政拦下，其中一人被抓走，另外一人被封印。
主角（双子中的一人）自昏迷中醒来后，在海边流浪。钓鱼时钓到了溺水的派蒙。在派蒙的指引下，主角开始重新探索这个世界。
主线剧情有三条线：
第一条线，找亲人。已知是一位神明抓走了自己的亲人，就必须一个国家一个国家去问，去找到底是哪个神明知道线索。
发展性的第二条线，对抗愚人众。愚人众是由至冬国组建的一支兵团，目标是夺取其余六神的神之心。主角和愚人众的互动是国家剧情的主线。
发展性的第三条线，探秘坎瑞亚。在1.4的剧情中，主角在追查失落的七天神像时，无意中知道了自己的至亲，成为了坎瑞亚的王储。正领导着坎瑞亚走向复国。那是主角第一次找到失散的至亲，只可惜这个团聚没多长时间就消失了。
